党的十八大报告强调，推动高等教育内涵式发展。这进一步明确了高等教育改革发展的方向。高校坚持走内涵式发展道路，一个基本内容和重要条件是推进制度创新，加快建设中国特色现代大学制度。为此，首先必须深刻认识高校的组织体系和权力结构特征，努力构建党委、行政和学术机构耦合运行的内部治理结构。这也是高校当前和今后较长时期的一项重要任务。
深刻认识高校党委、行政和学术机构的不同性质和运行方式。我国高校是学术机构，同时还是事业单位，是中国共产党基层组织的组成部分。在高校内部，存在党委系统、行政系统和学术系统，它们具有不同的性质和运行方式。其中，对于学术组织来说，高校为完成特定的学术管理任务，依法授权由学术组织行使审议、评定学术事项的权力；学术组织成员获得授权的依据是其专业知识和学术行为能力，其权力的运行实行委员会制，遵循民主议事规则和自下（院系）而上（学校）的议事程序。对于行政机构来说，由校长及其行政系统行使行政管理权力，它依托于特定的管理岗位并以职位的形式表现出来，具有严格的自上而下的特征；其权力的运行遵循“首长负责制”。虽然行政管理可以采用会议形式进行集体决策，但行政首长对最终决策负责。对于党委来说，党对学校实施统一领导，领导的主体是党的高校基层委员会；实行民主集中制，按照“集体领导、民主集中、个别酝酿、会议决定”的原则，以委员会的形式进行集体决策，少数服从多数，个人服从组织，下级组织必须坚决执行上级组织的决定。
坚持和完善党委领导下的校长负责制。党委领导下的校长负责制是我国高校的法定领导体制，符合国情，必须长期坚持和不断完善。第一，深刻理解党委领导的内涵。高校党委是学校改革发展的领导核心。党委领导是全面领导，党委对学校工作总负责、负总责。第二，准确把握党委领导与校长负责的关系，明晰行政权力的作用领域。一方面，党委领导是校长负责的前提和基础，行政系统行使行政权力需符合党的教育方针，符合党委制定的战略部署和基本政策，重要事项需向党委汇报或由党委讨论决定。另一方面，校长负责是党委领导的重要实现形式，党委支持校长独立行使行政管理职权，将党委的决策意图转化为行政意志和全校的实际行动。在这方面，行政权力的作用领域非常明确。第三，完善党委和行政的议事规则和工作制度，推进党委和行政工作的制度化和规范化。
建立健全学术管理体制。学术管理包括以学术权力为背景的管理和以行政权力为背景的管理。学术权力的作用主要是按照学术发展规律管理学术事务，保证学术决策的科学性；行政权力的任务则是充分尊重和发挥专家学者在学术管理中的主体作用，并为其科学决策提供协调和条件保障，及时组织开展学术决策的实施和调控。不可否认，目前我国高校学术管理的行政化倾向还较重，行政常常包办学术事务。要改变这种现状，必须针对学术管理的特点进行体制机制创新。第一，明确界定行政权力与学术权力的运行领域，规范学术管理中的行政权力。像学校发展规划、学科专业建设规划、科学研究规划、人才引进与培养政策这类事项，决策涉及面广、综合性强，对学术发展有重大影响，理应经过有关学术组织审议，但最终决策应由校长决定或由校长提交党委研究决定。像教学研究课题的审议、立项和教学成果奖的评定和推荐，科学研究课题的审议、立项和科研成果奖的评定和推荐这类事项，决策内容相对单一，可以由有关学术组织根据学校制度规定，在集体审议的基础上形成决议，经公示后直接生效。第二，加强任务型学术组织建设。一方面，建立健全校学术委员会、学位评定委员会、教学委员会及学院教授委员会等各种任务型学术组织，赋予其相应的决策权力，使之成为学术人员参与学术决策的重要平台。另一方面，加强学术组织的自身建设，尽快制定或修订各级各类学术组织章程，用制度规范学术组织的活动。
